En general utilizo bastante los comandos en terminal (por cierto, suelo usar Guake como emulador de terminal) directamente. Tengo definidos algunos alias para tareas comunes, no como alias en git, si no directamente en Bash1.
alias add='git add'
alias br='git branch -v'
alias cambios='git log --date-order --date=short --graph --full-history --all --pretty=format:"%h - %ad - %s"'
alias cambios_autor='git log --date-order --date=short --graph --full-history --all --pretty=format:"%h - %ad - %an - %s"'
alias ci='git commit -m'
alias cia='git commit -a -m'
alias co='git checkout'
alias cob='git checkout -b'
alias deshacer_ci='git reset --soft HEAD~1'
alias gcaa='git commit -a --amend -C HEAD'
alias nuevo='git log HEAD@{1}..HEAD@{0}'
alias push='git push'
alias pushom='git push origin master'
alias st='git status'
alias unstage='git reset HEAD'Como interfaz gráfica suelo usar git-cola. Como visor de historial y de ramas no he llegado a encontrar ninguno que me guste demasiado, pero suelo usar el DAG que viene con git-cola o gitk que viene con la propia instalación de git.
Cuando trabajo con R, utilizo el panel de Git que incluye RStudio, ya que es lo más ágil.