Lo más recomendable habitualmente es tener las versiones más actualizadas tanto de R (y de Rstudio) como de los paquetes que estamos usando, ya que incorporarán mejoras y correcciones de errores.
Pero es verdad que los cambios de versiones de los paquetes, eventualmente puede haber cambios en cómo funciona una función o como está definida una clase que hagan que algún trozo de nuestro código no funcione igual o directamente no funcione.
Para evitar estp está el paquete renv, que lo que hace es guardar un archivo de configuración (llamado renv.lock) con el listado de paquetes que se usan en nuestro proyecto y sus versiones y mantener una “biblioteca” de paquetes con las distintas versiones instaladas. Es fácil de usar, son un par de comandos que están explicados en la página de renv.
Debería usarse siempre en “producción” (en aplicaciones en el servidor que tienen código en R y que tienen que estar funcionando ) y también en proyectos en los que trabaja más de una persona, para asegurarnos que todos tenemos las mismas versiones de los paquetes en nuestros ordenadores y no hay problemas debido a eso.
En proyectos de análisis individuales, queda a decisión de cada cual, pero una cosa interesante que se puede hacer es al terminar el proyecto guardar el renv.lock, para tener la referencia de qué versiones de paquetes se usaron en aquel momento, por si tenemos que volver al proyecto tiempo después.